12. Как сделать пункт "по умолчанию" в Pop-Up меню выделенным ?

Вообще-то, это вопрос не относящийся к System Tray, а относящийся к меню. Hо можно ответить и на него. Устанавливается пункт "по умолчанию" в любом меню функцией API SetMenuDefaultItem(HMENU hMenu, UINT uItem, UINT fByPos), подробности - в Win32 SDK документации. Пункт "По умолчанию" не влияет на работу меню - это чисто интерфейсное выделение пункта меню полужирным (bold) шрифтом.