FAQ - System Tray - А как удалить иконку с Tray ?
Для удаления иконки вы должны знать ее ID и дескриптор окна-обработчика сообщений.
Для удаления иконки с Tray надо вызвать функцию Shell_NotifyIcon() с параметром NIM_DELETE и указателем на экземпляр структуры NOTIFYICONDATA, у которого должны быть заполнены следующие поля: cbSize, hWnd, uID.